कम्प्यूटेशनल मॉडल पर आधारित गहरी सीखने की भविष्यवाणी की गतिविधियों SpCas9 वेरिएंट प्रदान करते हैं और एक उपयोगी गाइड के लिए एक सबसे उपयुक्त का चयन — ScienceDaily


CRISPR-Cas9 से एक बन गया है सबसे सुविधाजनक और प्रभावी जैव प्रौद्योगिकी इस्तेमाल किया उपकरण में कटौती करने के लिए विशिष्ट डीएनए दृश्यों. शुरू से स्ट्रेप्टोकोकस pyogenes Cas9 (SpCas9), की एक भीड़ के वेरिएंट इंजीनियर किया गया है और कार्यरत प्रयोगों के लिए दुनिया भर में. हालांकि इन सभी प्रणालियों को लक्षित कर रहे हैं और cleaving एक विशिष्ट डीएनए अनुक्रम के साथ, वे भी प्रदर्शन अपेक्षाकृत उच्च बंद लक्ष्य गतिविधियों के साथ संभावित हानिकारक प्रभाव है ।

प्रोफेसर के नेतृत्व में Hyongbum हेनरी किम, शोध टीम के लिए केंद्र के Nanomedicine के भीतर, के लिए संस्थान के बेसिक साइंस (आईबीएस, दक्षिण कोरिया), हासिल किया है सबसे व्यापक उच्च throughput विश्लेषण के CRISPR-Cas9 गतिविधियों. टीम विकसित की गहरी सीखने आधारित कम्प्यूटेशनल मॉडल की भविष्यवाणी है कि गतिविधियों के SpCas9 वेरिएंट के लिए अलग डीएनए दृश्यों. में प्रकाशित प्रकृति जैव प्रौद्योगिकी, इस अध्ययन का प्रतिनिधित्व करता है एक उपयोगी गाइड के लिए सबसे उपयुक्त का चयन SpCas9 संस्करण.

इस अध्ययन को पार कर सभी पिछली रिपोर्टों पड़ा है, जो मूल्यांकन केवल अप करने के लिए तीन Cas9 प्रणाली. IBS के शोधकर्ताओं की तुलना में 13 SpCas9 वेरिएंट और परिभाषित किया गया है, जो चार न्यूक्लियोटाइड दृश्यों में इस्तेमाल किया जा सकता है के रूप में protospacer आसन्न आकृति (PAM) — एक छोटी डीएनए अनुक्रम के लिए आवश्यक है कि Cas9 और कटौती करने के लिए तैनात है के तुरंत बाद डीएनए अनुक्रम के लिए लक्षित दरार.

इसके अतिरिक्त, वे मूल्यांकन किया विशिष्टता के छह अलग-अलग उच्च निष्ठा SpCas9 वेरिएंट, और पाया है कि evoCas9 उच्चतम विशिष्टता है, जबकि मूल जंगली-प्रकार SpCas9 गया है सबसे कम है. हालांकि evoCas9 बहुत विशिष्ट है, यह भी पता चलता है कम गतिविधि पर कई लक्ष्य दृश्यों: इन परिणामों मतलब है कि पर निर्भर करता है, डीएनए लक्ष्य अनुक्रम के साथ, अन्य उच्च निष्ठा Cas9 वेरिएंट पसंद किया जा सकता है.

इन परिणामों पर आधारित, IBS के शोधकर्ताओं ने विकसित किया DeepSpCas9variants, एक कम्प्यूटेशनल उपकरण की भविष्यवाणी करने के लिए गतिविधियों के SpCas9 वेरिएंट. तक पहुँचने के द्वारा इस सार्वजनिक वेबसाइट, उपयोगकर्ताओं को इनपुट वांछित डीएनए लक्ष्य अनुक्रम खोजने के लिए सबसे उपयुक्त SpCas9 संस्करण और पूरा लाभ लेने के CRISPR प्रौद्योगिकी.

“हम शुरू किया, इस शोध जब हम गौर महत्वपूर्ण कमी का एक व्यवस्थित तुलना के बीच अलग अलग SpCas9 वेरिएंट,” किम कहते हैं. “अब, का उपयोग कर DeepSpCas9variants, शोधकर्ताओं कर सकते हैं सबसे उपयुक्त का चयन करने SpCas9 वेरिएंट के लिए अपने स्वयं के अनुसंधान प्रयोजनों के लिए.”

कहानी का स्रोत:

सामग्री द्वारा ही प्रदान की जाती संस्थान के लिए बुनियादी विज्ञान. नोट: सामग्री संपादित किया जा सकता है के लिए शैली और लंबाई ।



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