नई विधि का पता चलता है जहां डीएनए के जोखिम पर है में सेल-ScienceDaily


कारोलिंस्का Institutet में शोधकर्ताओं स्वीडन में विकसित एक नए अनुक्रमण विधि यह संभव बनाता है कि नक्शा करने के लिए कैसे डीएनए स्थानिक आयोजित सेल नाभिक में — खुलासा जो जीनोमिक क्षेत्रों के उच्च जोखिम में हैं उत्परिवर्तन और डीएनए की क्षति. तकनीक वर्णित है, में एक लेख प्रकाशित वैज्ञानिक पत्रिका में प्रकृति जैव प्रौद्योगिकी.

सबसे कोशिकाओं मानव शरीर में होते हैं, लगभग दो मीटर की दूरी के डीएनए. यह लंबे समय खिंचाव के डीएनए में बांटा गया है, 46 बड़े टुकड़े — क्रोमोसोम — पर कब्जा है, जो असतत क्षेत्रों में सेल के नाभिक के रूप में जाना जाता गुणसूत्र प्रदेशों.

कैसे अलग अलग हिस्सों के जीनोम कर रहे हैं, स्थानिक व्यवस्था की नाभिक में दृढ़ता से प्रभावित करता है कि कैसे वे कर रहे हैं के द्वारा पढ़ा जा रहा सेल के ट्रांसक्रिप्शनल तंत्र. हालांकि, स्थानिक व्यवस्था, व्यक्ति के जीन में तीन आयामी (3 डी) अंतरिक्ष के नाभिक बनी हुई है काफी हद तक बेरोज़गार.

अब, शोधकर्ताओं की एक टीम के नेतृत्व में डॉ मैग्डा Bienko पर विज्ञान जीवन के लिए प्रयोगशाला (SciLifeLab) और विभाग के चिकित्सा जैव रसायन और बायोफिज़िक्स कारोलिंस्का Institutet में विकसित किया गया है एक नए जीनोमिक विधि, नाम जीनोमिक loci स्थिति से अनुक्रमण या GPSeq, जो इस्तेमाल किया जा सकता प्राप्त करने के लिए उच्च संकल्प के नक्शे कैसे डीएनए स्थानिक आयोजित सेल नाभिक में.

विधि द्वारा काम करता है, धीरे-धीरे काटने के डीएनए से परमाणु परिधि से केंद्र की ओर, के बाद पढ़ने के द्वारा डीएनए अनुक्रम के आसपास प्रत्येक में कटौती । गणितीय मॉडलिंग कर सकते हैं, तो इस्तेमाल किया जा सकता पुनर्निर्माण के लिए 3 डी जीनोम की संरचना और पाते हैं, जहां अलग-अलग जीन और क्षेत्रों के बीच जीन के किनारे स्थित हैं परमाणु त्रिज्या के रूप में अच्छी तरह के रूप में एक दूसरे के संबंध में.

“हमने पाया है कि स्थानिक वितरण के विभिन्न प्रकार के क्रोमेटिन (रचना के डीएनए, आरएनए और प्रोटीन परिसरों) अक्सर मतभेद से हम क्या खोजने के लिए उम्मीद,” डॉ कहते हैं Bienko, एक वरिष्ठ लेखकों के कागज. “हमारे आश्चर्य करने के लिए, हमने पाया है कि तस्वीर नहीं है के रूप में सरल रूप में सभी निष्क्रिय क्रोमेटिन पर बैठे परमाणु परिधि और सक्रिय क्रोमेटिन कमाया केंद्र में. इसके बजाय, वहाँ एक सातत्य है, एक ढाल में वृद्धि की गतिविधि से परमाणु परिधि की ओर इंटीरियर, भले ही निष्क्रिय क्रोमेटिन पाया जा सकता है के बहुत केन्द्र में नाभिक भी है.”

एक महत्वपूर्ण पहलू जानने के जहां अलग जीनोमिक क्षेत्रों में स्थित हैं के नाभिक है कि यह अब संभव है, जहां नक्शा करने के लिए डीएनए की क्षति और परिवर्तन कर रहे हैं सबसे अधिक होने की संभावना बताते हैं डॉ निकॉला Crosetto, में एक वरिष्ठ शोधकर्ता एक ही विभाग में कारोलिंस्का Institutet और अन्य वरिष्ठ लेखक के कागज.

“हम खोज की है कि डीएनए म्यूटेशन कर रहे हैं कि अक्सर सामना करना पड़ा अलग अलग प्रकार के कैंसर से समृद्ध कर रहे हैं में निष्क्रिय क्रोमेटिन में स्थित परमाणु परिधि है, जो हो सकता है के साथ क्या करना है तथ्य यह है कि कई उत्परिवर्तजन से उत्पन्न सेल के बाहर,” वे कहते हैं. “दूसरे हाथ पर, डीएनए टूट जाता है और जीन fusions की बहुत अधिक संभावना है पाया जा करने के लिए में परमाणु केन्द्र है, जो हो सकता है की वजह से उच्च स्तर के प्रतिलेखन हम पाते हैं कि केंद्र में.”

कहानी का स्रोत:

सामग्री द्वारा ही प्रदान की जाती कारोलिंस्का Institutet. नोट: सामग्री संपादित किया जा सकता है के लिए शैली और लंबाई ।



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