Souporcell सहायता कर सकता है निजीकृत चिकित्सा और मलेरिया अनुसंधान — ScienceDaily


एक नए कम्प्यूटेशनल विधि के लिए बताए दाता में एकल सेल शाही सेना अनुक्रमण प्रयोगों प्रदान करता है एक सही तरीका जानने के लिए डेटा का एक मिश्रण से लोगों को. के Souporcell विधि द्वारा बनाई गई हैं, वेलकम Sanger संस्थान के शोधकर्ताओं और उनके सहयोगियों की मदद कर सकता है कि कैसे अध्ययन आनुवंशिक वेरिएंट में अलग-अलग लोगों को प्रभावित है, जो जीन व्यक्त कर रहे हैं के दौरान संक्रमण या दवाओं के लिए प्रतिक्रिया.

इस सप्ताह प्रकाशित में प्रकृति के तरीकोंसॉफ्टवेयर हो सकता है, वृद्धि की दक्षता एकल कोशिका के प्रयोगों की सहायता, अनुसंधान में प्रत्यारोपण, व्यक्तिगत चिकित्सा और मलेरिया ।

एकल सेल शाही सेना अनुक्रमण (RNAseq) प्रकट कर सकते हैं वास्तव में जो जीन पर बंद कर रहे हैं में प्रत्येक व्यक्ति के सेल का खुलासा, सेल प्रकार और क्या वे करते हैं. पूलिंग कई लोगों की कोशिकाओं में एक एकल कोशिका RNAseq प्रयोग में मदद करता है की पहचान करने के लिए कैसे अलग जीनोम को प्रभावित इस जीन की अभिव्यक्ति. हालांकि यह आवश्यक है करने के लिए सक्षम होना करने के लिए अलग-अलग जिसके परिणामस्वरूप डेटा के द्वारा व्यक्तिगत जा सकता है, जो बहुत मुश्किल है.

लेखकों का परीक्षण किया Souporcell* के खिलाफ तीन अन्य कम्प्यूटेशनल विधियों का उपयोग कर अपरा कोशिकाओं pluripotent स्टेम सेल लाइनों** और मलेरिया परजीवी.

हेन्स Heaton, पहले लेखक से वेलकम Sanger संस्थान, ने कहा: “हमारे विधि कहा जाता है, Souporcell में सक्षम है करने के लिए अलग-अलग मिश्रण’ व्यक्तियों की कोशिकाओं में scRNAseq प्रयोगों को जानने के बिना प्रत्येक व्यक्ति के पूरा जीनोम अनुक्रम के पहले, पिछले विधियों के विपरीत. प्रमुख विशेषताओं में से एक की विधि है कि यह अनुमान की राशि पृष्ठभूमि आरएनए से मृत कोशिकाओं है, जो अक्सर करने के लिए भेजा के रूप में सूप । यह तो अनुमति देता है, को हटाने की है कि शोर के स्रोत है, और इसलिए नाम Souporcell.”

में सक्षम किया जा रहा करने के लिए गठबंधन की कोशिकाओं में एक ही प्रयोग सटीकता बढ़ जाती है, सक्रिय करने के बारे में अधिक जानकारी पाया जा करने के लिए, और यह भी लागत कम कर देता है के इन प्रयोगों.

डॉ मार्टिन Hemberg, एक वरिष्ठ लेखक से वेलकम Sanger संस्थान, ने कहा: “सटीक आनुवंशिक अनुक्रम के प्रत्येक व्यक्ति को प्रभावित कर सकते हैं उनकी प्रतिक्रिया करने के लिए संक्रमण, या दवा उपचार के लिए. नई विधि में सक्षम बनाता है एकल कक्ष अभिव्यक्ति डेटा से कई लोगों के लिए विश्लेषण किया जा सकता दिखाने के लिए, लिंक के बीच जीनोटाइप और phenotype के रोगों में, और की उपस्थिति में दवाओं. इस प्रभाव पड़ेगा के लिए व्यक्तिगत दवा.”

इसके अलावा, कुछ नमूने स्वाभाविक है का एक मिश्रण के साथ कोशिकाओं को अलग जीनोम से नमूने सहित, प्रत्यारोपण के रोगियों जो अपने मूल कोशिकाओं और कोशिकाओं से दाता, या की आबादी परजीवी है, इस तरह के रूप में, मलेरिया से संक्रमित व्यक्ति.

Dr मारा Lawniczak, एक वरिष्ठ लेखक से वेलकम Sanger संस्थान, ने कहा: “इस विधि की मदद से हमें यह समझने मलेरिया । लोगों को संक्रमित के साथ कई उपभेदों के लिए मलेरिया पर एक बार, लेकिन हम नहीं जानते कि कैसे इन उपभेदों रहे हैं एक दूसरे के साथ प्रतिस्पर्धा करने के लिए पुन: पेश. करने के लिए भी सवाल पूछने के लिए हम करने के लिए सक्षम होना करने के लिए बाहर विभाजित कोशिकाओं के विभिन्न मलेरिया उपभेदों, और Souporcell है को सक्षम करने के लिए।”

कहानी का स्रोत:

सामग्री द्वारा ही प्रदान की जाती वेलकम ट्रस्ट सेंगर संस्थान. नोट: सामग्री संपादित किया जा सकता है के लिए शैली और लंबाई ।



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